Seksi Kelambagaan dipimpi oleh Kepala Seksi, berada dibawah dan bertangung jawab kepada Kepala Bidang Kelembagaan dan Pengawasan. Kepala Seksi Kelembagaan mempunyai tugas melaksanakan sebagai tugas kepala bidang kelembagaan dan pengawasan lingkup Kelembagaan. Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, Kepala Seksi Kelembagaan menyelenggarakan fungsi :

• Perencanaan program dan kegiatan Seksi Kelembagaan dengan mempedomani rencana umum kota, rencana strategis, dan rencana kerja Dinas untuk terlaksananya sinergitas perencanaan;
• penyusunan bahan kebijakan, standar operasional prosedur, dan standar lainnya lingkup Seksi Kelembagaan untuk terselenggaranya aktivitas dan tugas secara optimal;
• Pembagian tugas, pembimbingan, penilaian,penghargaan, dan penegakan/pemrosesan kedisiplinan Pegawai ASN (reward and punishment) dalam rangka untuk kelancaran tugas lingkup Seksi Kelembagaan atas peraturan perundang-undangan;
• Penyusunan bahan perumusan kebijakan urusan pemerintahan bidang koperasi, usaha kecil dan menengah lingkup Seksi Kelembagaan dalam bentuk Peraturan Daerah dan/atau Peraturan Wali Kota untuk menjadi pedoman dalam pelaksanaan tugas;
• Penyusunan bahan analisis data dan  jumlah koperasi serta koperasi simpan pinjam/unit simpan pinjam yang akurat;
• Penyususnan bahan observasi dan pengendalian pembentukan koperasi usaha simpan pinjam dan pembukaan kantor cabang, cabang pembantu dan kantor kas berdasarkan standar operasional prosedur dan peraturan perundang-undangan;
• Penyusunan bahan analisis berkas perubahan anggaran dasar koperasi;
• Penyusunan bahan analisis berkas usulan penerbitan dan pengesahan akta pendirian, penggabungan, amalgamasi koperasi ke Kementerian koperasi dan UKM RI berdasarkan standar operasional prosedur dan peraturan perundang-undangan;
• Penyusunan bahan pelaksanaan bimbingan dan penyuluhan dalam pembuatan laporan tahunan koperasi simpan pinjam/unit simpan pinjam;
• Penyusunan bahan pelaksanaan penyuluhan dan pembinaan dalam rangka pembentukan koperasi dan rapat anggota tahunan (RAT) koperasi;
• Penyusunan bahan untuk penyelenggaraan peringatan hari Koperasi kota dan Timgkat Nasional
• Penyusunan bahan pengendalian, evaluasi, dan penilaian lingkup Seksi Kelembagaan meliputi unsur pelaksanaan perumusan kebijakan, unsur pelaksanaan tugas, dan unsur-unsur lainnya yang dikoordinasikan oleh Kepala Bidang Kelembagaan Dan Pengawasan berdasarkan peraturan perundang-undangan;
• Penyampaian laporan hasil pelaksanaan tugas sebagai pertanggungjawaban kepada Kepala Bidang Kelembagaan Dan Pengawasan; dan
• Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Bidang Kelembagaan dan Pengawasan terkait dengan tugas dan fungsinya.